Alexandre Gouy

Data Scientist

Bioinformatician

R Expert

Alexandre Gouy

Data Scientist

Bioinformatician

R Expert

CV
Expérience
Depuis 2019
Data Scientist Indépendant
  • Analyse et visualisation de données pour des entreprises et partenaires académiques
  • Développement et application de modèles d’apprentissage profond (deep learning)
  • Développement de tableaux de bord interactifs
  • Assistance et formation au langage R
2015 - 2019
Doctorat
Université de Berne
  • Développement de méthodes statistiques et logiciels pour l’analyse de données génomiques à grande échelle
  • Développement de packages R/Bioconductor
  • Développement d’applications Web Shiny
  • Machine learning (Python/Keras/Tensorflow)
  • Ecriture scientifique
  • Enseignement (statistiques et génomique)
2009 - 2010
Tuteur informatique
Université de Limoges
  • 350 heures d’enseignement en informatique
FORMATION
2019
PhD
avec la plus haute distinction (summa cum laude)

Université de Berne (Suisse)

2015
Master
mention Très Bien

Université de Montpellier (France)

2013
Licence
mention Bien

Université de Limoges (France)

Compétences
Connaissances
  • Visualisation de données
  • Analyse de données
  • Machine learning
  • Bioinformatique - génomique
  • Ecriture scientifique
  • Supervision
  • Typographie et design d'impression
  • Outils BI - Tableau
  • Programmation GPU (CUDA)
Programmation
  • R
  • d3.js
  • Python
  • C#
  • C++
  • Javascript
Langues
  • Français
  • Anglais
  • Espagnol
  • Allemand
Publications scientifiques
  • Armstrong E., Khan A., Taylor R., Gouy A., Greenbaum G., Thiéry A., et al. (submitted) Recent evolutionary history of tigers highlights contrasting roles of genetic drift and selection.
  • Gouy A., Excoffier L. (2020) Polygenic selection and co-introgression of archaic variants contributed to modern humans’ adaptation to pathogens. Molecular Biology and Evolution, msz306.
  • Gouy A. & Cruz-Dávalos D.I. (2020), Nothing stands still in the streams of life. In The Beauty of Theoretical Biology, Springer.
  • Peischl S., Dupanloup I., Foucal A., Jomphe M., Bruat V., Grenier J.-C., Gouy A., Gilbert K.J., Gbeha E., Bosshard L., Hip-Ki E., Agbessi M., Hodgkinson A., Vézina H., Awadalla P., Excoffier L. (2018). Relaxed selection during a recent human expansion. Genetics 208(2): 763-777
  • Gouy A., Daub J.T. & Excoffier L. (2017). Detecting gene subnetworks under selection in biological pathways. Nucleic Acids Research 45(16): e149
  • Gouy A. & Zieger M. (2017). STRAF—A convenient online tool for STR data evaluation in forensic genetics. Forensic Science International: Genetics 30: 148-151
  • Rousset F., Gouy A., Martinez‐Almoyna C., & Courtiol A. (2017). The summary likelihood method and its implementation in the Infusion package. Molecular Ecology Resources 17: 110-119